Organisasi kemahasiswaan STAI DR. KHEZ. Muttaqien terdiri atas Keluarga Mahasiswa (KM) Muttaqien (Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM), Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM), Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) dan Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) untuk program sarjana dan Forum Mahasiswa Pascasarjana (FORMACA). Sedangkan untuk oranisasi alumni yaitu Ikatan Keluarga Alumni (IKA) STAI DR. KHEZ. Muttaqien.