STAI DR. KHEZ. Muttaqien Purwakarta memiliki program studi pilihan yakni 6 (enam) program sarjana (S1) di antaranya program sarjana Pendidikan Agam Islam (PAI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA), Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD), Ahwal al-Syakhsiyyah (Hukum Keluarga), Ekonomi Syari’ah, dan Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) serta 1 (satu) program pascasarjana magister (S2) Pendidikan Agama Islam dengan status terakreditasi.